Le truppe federali catturarono José Sanchez del Rio ed un ragazzo indio di nome Lorenzo e li condussero in catene a Cotija , tra scherni e insulti. Il generale Guerrero rimprovero ' duramente José poi lo fece gettare in carcere perché le leggi non consentivano di condannare a morte i minorenni. In carcere, durante la notte, Josè scrisse alla mamma una coraggiosa lettera nella quale annunciava di esser stato fatto prigioniero e di dover morire. La lettera iniziava con le parole : " Mia amata madre " e continuava : "Rassegnati alla volontà di Dio . Io muoio felice, perché muoio valorosamente accanto a Nostro Signore ". Il giorno dopo, lo mandarono, in catene, a Sahuayo dove governava incontrastato il deputato Picazo il quale, nonostante fosse il suo padrino , aveva deciso di ucciderlo.
Josè venne richiuso, insieme al ragazzo indio di nome Lorenzo, nella chiesa parrocchiale di San Giacomo Apostolo, trasformata in stalla e deposito . Sull' altare erano legati dei galli . Durante la notte José, indignato per l'insulto alla casa del Signore trasformata in pollaio e stalla, elimino' i galli da combattimento del deputato Picazo, e accecò il cavallo . Poi ripuli' l'altare con la camicia che indossava. Il mattino seguente, mercoledì 8 febbraio, Picazo chiese a José perché avesse ucciso e ferito animali tanto preziosi ed il giovane rispose :" La casa di Dio è luogo di preghiera, non un rifugio per animali ".Uno degli assistenti di Picazo colpì duramente José sulla bocca causandogli la caduta di alcuni denti. Nel pomeriggio di quello stesso giorno , alle ore 17,30, su ordine di Picazo, che intendeva vendicarsi, i due ragazzi furono portati fuori la Chiesa parrocchiale e condotti nel lato ovest della piazza principale, dove Lorenzo fu impiccato al cedro. José fu costretto a rimanere accanto all'albero ed assistere alla morte del compagno Cristero , ma il Signore non permise che avesse conseguenze tragiche il gesto di pieta ' di josé , dettato dalla profonda fede verso l'Eucaristia e dall'amore incondizionato verso la legge di Dio . Infatti, quando fu portato al cimitero e abbandonato in attesa della sepoltura, Lorenzo si rianimo' e riuscì a scappare riunendosi ai Cristeros. Da quel momento fu soprannominato :"Lazzaro ". Nei giorni seguenti José rimase rinchiuso nella cripta del battistero della chiesa parrocchiale. Attraverso un finestrino poteva comunicare con l'esterno. Riceveva le
visite degli amici e dalla zia Maria, il cibo. Insieme al vitto la zia gli portava la Santa Comunione che padre Ignacio Sanchez, zio paterno, nascondeva in mezzo alle tortillas.
 Le persone che passavano per strada , accanto al finestrino sentivano José recitare il S. Rosario e cantare inni religiosi . L'inno che cantava più di frequente era: "Al cielo , al cielo, al cielo quiero ir " . Le persone che riconoscendolo si erano fermate a parlare con lui assicurarono che José era sereno e tranquillo. Quando José ed il suo compagno di prigionia Lorenzo, ricevettero il pranzo dalla zia Maria, il giovane indio terrorizzato di dover morire, non voleva mangiare. José lo incoraggio' dicendo :"Mangiamo bene, ci sarà dato il tempo per tutto e poi ci fucileranno . Non tirarti indietro :le nostre pene dureranno fin tanto che non avremo chiuso gli occhi ".

"Si al cielo quires ir a recebir tú palma a Dios en cuerpo y alma has de amar y servir "
Venerdi 10 febbraio 1928, verso le sei del pomeriggio, José fu trasferito alla Locanda del Rifugio, una specie di caserma ubicata in via Santiago, di fronte al battistero , dove gli comunicarono che sarebbe stato fucilato quella sera stessa alle ore otto e trenta. Immediatamente scrive una lettera a sua zia Maria chiedendole di ricevere, tramite la zia Magdalena, la Santa Comunione. Dalla lettera emerge il carattere forte e determinato di José .La scrittura è chiara e precisa, non vi sono correzioni . Jose non manifesta né dubbi né timori ma Fede e Speranza eroiche. Annuncia alla zia in modo diretto :"sono condannato a morte. Alle otto e mezza arriverà il momento che ho tanto , tanto desiderato ". Conclude con queste parole: "Cristo vive, Cristo Regna, Cristo Comanda ! Viva Cristo Re e Santa Maria di Guadalupe! José Sanchez del Rio, morto per difendere la propria fede. Continuate a lottare. Addio. "
I soldati avevamo ricevuto l'ordine dal deputato Picazo di uccidere José a pugnalate per non attirare l'attenzione della gente. Infatti secondo le leggi del Messico, l'uccisione del ragazzo era un crimine , perché i minorenni non potevano essere condannati a morte. Picazo , per non rischiare di essere incriminato, quella sera non si trovava a Sahuayo. I soldati alle ore nove, durante il coprifuoco, riportano José alla Locanda per convincerlo a rinnegare la Fede. Lo picchiarono e con il calcio del fucile gli fratturarono la mascella. José, dimostrando grande coraggio e virilità, respingeva ogni tentativo di aver salva la vita perché non voleva perdere l'opportunità di andare in Paradiso. Intorno alle ore 11 , gli scorticarono le piante dei piedi con un coltello affillato e lo fecero camminare sul sale di Colima, costituito da grossi grani. Durante le torture gridava : "Viva Cristo Re e Santa Maria di Guadalupe! ".Poi condussero José al cimitero. Lungo la via Costituzione , ad ogni passo lasciava tracce dei suoi piedi sanguinanti.
Lungo il tragitto continuarono a ferirlo con le baionette ed i pugnali. Ad ogni colpo José gridava :"Cristo vive! , Cristo Regna! Viva Cristo Re! Viva Santa Maria di Guadalupe! ". Giunti al cimitero lo misero davanti la fossa scavata per lui. Il capo del plotone Alfredo Amezcua , soprannominato "La Aguada ", gli chiese con tono irrisorio, se volesse lasciare un messaggio per suo padre. José rispose risoluto e inflessibile :"Ci rivedremo in Cielo! Viva Cristo Re! Viva Santa Maria di Guadalupe! "
Allora ordinò ai soldati di ucciderlo a pugnalate affinché nessuno potesse udire gli spari. Ad ogni pugnalata José gridava con tutto il fiato che gli rimaneva :"Viva Cristo Re! Viva Santa Maria di Guadalupe! ". L'ufficiale Rafael Gil soprannominato "el Zamorano " , per soffocare quelle invocazioni che lo facevano infuriare, estrasse la pistola e colpi José alla tempia. I giovane Martire, non riuscendo più a parlare, disegnò, col suo sangue una Croce e cadde su di Essa in segno di adorazione.
Così morì San José Sanchez del Rio.
Negli atti del suo martirio è scritto : " È stato sfigurato con Cristo per essere configurato a Cristo. Il suo ultimo grido lo conferma :"Viva Cristo Re e Santa Maria di Guadalupe ".

"Que fácil es ser bueno y héroe cuando tú no tienes que dar tú vida. . . pero cuando tú tienes que entregar tú vida. . . . ¡ahí te quiero ver! " ( Cristero anonimo ).
I carnefici gettarono con disprezzo, il corpo di José nella fossa e lo coprirono con qualche palata di terra. Il custode del cimitero che aveva dovuto assistere, suo malgrado, al martirio, andò a casa di Padre Ignacio Sanchez, zio paterno di San José, per farsi dare un lenzuolo. Il corpo del ragazzo fu dissotterrato , in quella stessa notte , pulito, ricomposto, avvolto nel lenzuolo e nuovamente seppellito nella stessa fossa , insieme ad una lettera, contenente il suo nome e inserita in una bottiglia, come si faceva con i soldati morti sul campo di battaglia. Coloro che , di nascosto , provvidero , prima del giorno, alla pietosa sepoltura di San José , gli trovarono addosso una lettera da lui indirizzata alla mamma: "Salutami tutti per l'ultima volta. Ricevi il cuore di questo tuo figlio che ti vuol tanto bene e che desiderava vederti prima di morire. Ti prometto che in Paradiso preparero' un buon posto per tutti voi. Il tuo José che muore in difesa della Fede cattolica per amore di Cristo Re e della Madonna di Guadalupe. José Sanchez del Rio ".
A Sahuayo la gente comicio' a considerare José un Martire . I suoi amici e conoscenti, nonostante fossero tristi per la sua morte, erano fieri del suo sacrificio. Come nell'antichità, i fedeli cristiani si affrettarono a conservare le reliquie del Martire . Iniziarono i pellegrinaggi alla sua tomba anche per raccogliere un po 'di terra intrisa del suo sangue. Per evitare questo, il deputato Picazo fece sorvegliare l'ingresso del cimitero.
I soldati della guarnigione di Sahuayo, che assistettero alla prigionia ed al martirio di San José, dicevamo che nemmeno tutte le truppe riunite avrebbero potuto avere il coraggio e la virilità di quel ragazzo.
San José visse costantemente sotto gli sguardi di Gesù e di Maria , in spirituale ed intimo colloquio con Loro. Mise rigorosamente in pratica ciò che aveva imparato nel Catechismo :"Dio ci ha creati per conoscerlo, amarlo e servirlo in questa vita e per goderlo poi nell'altra in Paradiso ". Ebbe il coraggio della Fede, la forza della Speranza e la generosità della Carità.
Nel XIX in Indocina , durante le persecuzioni contro la Chiesa del Vietnam , un ragazzo cattolico fu tradotto davanti ad un Mandarino. Il giovane Martire pregò il giudice con risolutezza dicendogli :"Mandarino decapitatemi perché io possa andare nella mia Patria! ". Il Mandarino non capi ' e rispose : " Dov'è la tua Patria? Tu non sei dell'Indocina? ". "La mia patria è il Cielo! " ed aggiunse , in risposta alla domanda del Mandarino :"I miei genitori sono in Cielo, perché morirono per la loro fede. Io chiedo di andare con loro! ".Nonostante la lontananza nel tempo e nello spazio , ma soprattutto , le diversità sociali e culturali , la vicenda del ragazzo vietnamita è analoga a quella di San José. Entrambi avendo trovato la perla di gran pregio (S.Matteo , 13 , 46 ) , rinunciarono al più prezioso bene terreno, la loro giovane vita, pur di acquistarla.